První český mužský klášter byl založen v letech 992–993 po dohodě mezi knížetem Boleslavem II. a druhým pražským biskupem Vojtěchem, který sám patřil ke členům benediktinského řádu. Do údolí, nepříliš vzdáleného od Pražského hradu, byl přiveden mnišský konvent v čele s opatem Anastázemz římského kláštera sv. Bonifáce a Alexia na Aventinu. Po době začátků se však klášter připojil k linii gorzsky reformovaných bavorských benediktinských domů. Počáteční dřevěné provizorium brzy nahradily kamenné budovy s bazilikou, jejímiž patrony se stali vedle sv.Benedikta i oba patroni aventinského opatství. Klášter byl dostavěn již za vlády opata Menharta ( 1089), s nímž přišla z bavorského Nie do Břevnova gorzská reforma. Odpoloviny třináctého století se opatství začalo měnit ve stylu rané gotiky stavba nad pramenem Vojtěškou, uctívaným jako legendární místo setkání zakladatelů. Gotický klášter s kostelem vyrůstal postupně až do husitských válek, nebyl však dokončen. V zasvěcení chrámu, který dostal podobu asymetrického čtyřlodí, se přitom objevila jména dalších světců – Vojtěcha, Diviše a Markéty. 

Husitské války znamenaly zásadní zlom v dějinách kláštera, jehož areál byl v roce 1420 vypálen. Části řeholní komunity poskytla útočiště vzdálená břevnovská proboštství a jedno z nich, v Broumově, se na dlouhou dobu stalo i hlavním sídlem břevnovských opatů. Klášter v Břevnově zpustnul. Pokusy o jeho stavební obnovu byly úspěšně dovršeny až za opatů Tomáše Sartoria ( 1700) a zejména Otmara Zinka ( 1738), za jehož správy se do výstavby zapojil architekt Kryštof Dientzenhofer a následně i jeho syn Kilián Ignác.Vtomto období vyrostla dnešní jednolodní stavba kostela sv. Markéty, v místě středověkých ruin klauzury vznikla nová konventní budova a východně od ní výstavná prelatura. Mladší z Dientzenhoferů pro opata Zinka pracoval rovněž v Broumově a navrhl i další výrazný objekt, nově zřízené proboštství v Lehnickém Poli ve Slezsku. Staleté soužití Břevnova a Broumova pod vedením jednoho opata bylo v roce 1939 ukončeno rozdělením do dvou samostatných opatství.

Vroce 1950 byl řeholní život v Břevnově načasnásilně přerušen. Po navrácení areálu benediktinskému řádu došlo v roce 1993 při příležitosti oslav tisíce let od založení k povýšení klášterana arciopatství.