Autor: Klára Simandlová

Klášter založil roku 1347 král a pozdější císař Karel IV.; dokončené budovy byly slavnostně posvěceny na Pondělí velikonoční roku 1372. Čtení textu z evangelia o setkání Krista s učedníky v Emauzích, které se váže k této události, vedlo k pozdějšímu pojmenování „V Emauzích“, zkráceně „Emauzy“. Klášter osídlili benediktini z Chorvatska, pozvaní panovníkem, aby v Čechách obnovili tradici bohoslužby ve slovanském jazyce. Při překládání a opisování knih užívali typického písma – hlaholice. V husitském období unikl klášter ničení, zřejmě pro své výlučné postavení v církevním životě; dokonce v Emauzích vznikl jediný mužský utrakvistický klášter. K rekatolizaci došlo na konci XVI. století.

Roku 1635 uvedl císař Ferdinand III. Do Emauz benediktiny ze španělského Montserratu. Za jejich působení začal být klášter barokně upravován a přestavován. Španělští benediktini přinesli do Emauz kult Panny Marie Montserratské.

V roce 1880 získala klášter benediktinská kongregace z Beuronu, jíž Bismarckova antiklerikální kampaň donutila opustit Německo. V prostředí této kongregace se rozvinulo výlučně církevní umění, tzv. Beuronská umělecká škola.  Beuronští umělci nově vyzdobili interiéry kláštera a současně proběhla i přestavba budov v historizujícím duchu.

Za nacistické okupace došlo ke zrušení kláštera, opat a několik řeholníků bylo internováno v koncentračním táboře. V únoru 1945 zasáhly klášter bomby při anglo-americkém náletu. V roce 1950 byly řeholní instituce v Československu zrušeny a rekonstrukce budov se přizpůsobila novému využití pro účely vědy a zdravotnictví. Benediktinský řád se do Emauz vrátil v roce 1990, kdy získal klášter zpět v restituci. V klášterním kostele posvěceném v roce 2003 se konají pravidelné bohoslužby.