Stan obecny

Dzisiejszy kościół parafialny pw. Jana Apostoła w Mogilnie jest trójnawową bazyliką o rozbudowanej dwuwieżowej fasadzie zachodniej. Partię wschodnią kościoła tworzą prezbiterium zamknięte apsydą oraz zajmująca analogiczną powierzchnię krypta znajdująca się pod nimi. Do krypty prowadzą, z nawy południowej, wtórnie wybite schody. Tą część kościoła tworzą mury romańskie oraz gotycka nadbudowa widoczna przede wszystkim w licach murów zewnętrznych. Część zachodnia zbudowana jest z dwóch kaplic mieszczących się w najniższych partiach wież oraz prospektu organowego wraz z organami. Do kościoła prowadzi wejście poprzedzone kruchtą. Po badaniach i remontach w latach 70. XX wieku osiemnastowieczna szata kościoła została zmieniona. Spod zewnętrznych tynków zostały odsłonięte granitowe i ceglane mury wcześniejszych faz założenia. Jedynymi tynkowanymi elementami bryły pozostały wieże, obramienia barokowych okien oraz arkadkowy fryz gotycki na zewnętrznym licu muru apsydy. Odsłonięte zostały także części wewnętrznych lic murów kościoła, gdzie spod tynków wyłoniła się barwna mozaika i struktura kolejnych faz budowlanych. Zachowane zostały tynki sklepień, łuku tęczowego a także podniebi arkad międzynawowych.

Wyposażenie wnętrza kościoła pochodzi w większości z XVI-XVIII wieku. Składają się na nie: architektoniczny ołtarz główny, zbudowany z kolumn i powtarzający swoją formą kształt apsydy, marmoryzowane ołtarze boczne z przedstawieniami benedyktyńskich świętych (św. Benedykt, św. Scholastyka) oraz rokokowa ambona. Bogato zdobiona balustrada prospektu ołtarzowego ozdobiona została herbem Poraj, którym posługiwał się opat Andrzej Wilczyński – fundator tej części wyposażenia. Całość wnętrza chronologicznie i ideowo zamyka fresk pędzla Jana Okrolniewicza z Gniezna z 1814 roku. Pierwowzorem przedstawienia jest osiemnastowieczny obraz z ukazujący Bolesława Szczodrego na tle uproszczonej panoramy Mogilna. U jego stóp władcy putta prezentują widok klasztoru oraz listę z imionami zakonników. Po bokach  głównego przedstawienia rozmieszczone zostały sceny z życia króla i św. Stanisława.

Zabudowania klasztorne również zostały poddane remontom oraz modernizacjom i obecnie mieszczą przestrzenie Europejskiego Centrum Dialogu. Klasztornemu wirydarzowi, do którego można wejść przez krużganki, także przywrócono dawną świetność. W jego centralnym punkcie, w czasie badań archeologicznych, odkryto romańską studnię.