Stan obecny

Najstarsza droga, tzw. Królewska, prowadzi do opactwa łysogórskiego od wschodu, z Nowej Słupi. Wchodząc na szczyt, widzimy mury i prowadzącą przez nie XVIII-wieczną monumentalną bramę zwieńczoną z obydwu stron wolutowymi szczytami. Po wejściu na teren opactwa po lewej widzimy wolno stojącą dzwonnicę. Wybudowana została pod koniec XVIII wieku w stylu neoklasycystycznym na planie kwadratu. Na wprost bramy znajduje się kościół, do którego od północy przylega klasztor. W elewacji klasztoru wyróżnia się kaplica Oleśnickich.

Kościół ma rzut prostokąta – jest budowlą jednonawową, trójprzęsłową, bez transeptu. Elewacja wschodnia podzielona jest na 3 kondygnacje, a jej środkowa część ma formę ryzalitu. W bocznych osiach znajdują się kartusze z herbami opatów świętokrzyskich oraz herb opactwa (podwójny krzyż, tzw. patriarchalny). Elewacja zachodnia ma również 3 kondygnacje. Na jej osi znajdują się wnęki; dolna mieści w sobie marmurowy portal prowadzący do wnętrza. W niszach po obydwu stronach portalu umieszczone zostały rzeźby pochodzące ze starszego kościoła, przedstawiające 3 duchownych i rycerza.

Portal główny prowadzi do kruchty, w której znajdują się żelazne, kręcone schody na chór muzyczny oraz słabo czytelna tablica nagrobna opata Maliszewskiego. Kolejny portal z kratą prowadzi do wnętrza kościoła. Utrzymane jest ono w jasnej kolorystyce. Dwuprzęsłowe prezbiterium oddzielone jest od nawy tęczą. W ołtarzu głównym, klasycystycznym, znajduje się obraz Franciszka Smuglewicza „Trójca przenajświętsza”. Tabernakulum, podtrzymywane przez anioły, na formę kulistą dekorowaną kłosami pszenicznymi i winogronami. Przy ścianach prezbiterium ustawione są XVIII-wieczne drewniane stalle pokryte niewielką ilością złoceń. W południowej części nawy znajduje się ambona z przedstawieniem Mojżesza w dolnej części mównicy i Janem Chrzcicielem w zwieńczeniu.

Przęsła nawy wyznaczone są przez pilastry toskańskie. Pomiędzy pilastrami, we wnękach, ustawione są mensy ołtarzowe, a nad każdą z nich znajduje się obraz Smuglewicza. Po prawej są to następujące sceny (idąc od ołtarza): Maria depcząca głowę węża, znalezienie Krzyża św. przez św. Helenę oraz św. Benedykt przed śmiercią; po lewej: śmierć Józefa, św. Emeryk rozmawiający z aniołem i spotkanie św. Scholastyki ze św. Benedyktem. Powyżej obrazów nawę obiega belkowanie z fryzem tryglifowym, wyznaczające strefę kolebkowo-krzyżowych sklepień.

Konfesjonały we wnętrzu kościoła zostały wykonane w XX wieku i są rekonstrukcją pierwotnych, XVIII-wiecznych. Również organy w chórze muzycznym powstały w XX wieku, ale stylistycznie nawiązują do neoklasycyzmu.

Z kruchty kościoła przejście prowadzi do południowego skrzydła krużganków. Mają one rzut prostokąta; wzniesione zostały z łamanego kamienia i ciosów piaskowca. Obecnie mają formę gotycką. Oświetlone są ostrołukowymi oknami; przekrywa je sklepienie krzyżowo-żebrowe. Zworniki i wsporniki ozdobione są herbami dobroczyńców klasztoru. W skrzydle południowym brak jest dekoracji malarskiej. Kamienny mur pochodzi z epoki gotyku, kiedy powstawał czworobok krużganków. Pod nim kryje się jednak mur romański, należący do najstarszego kościoła. Widoczny jest on w odkrywce architektonicznej z pozostałością polichromii. W skrzydle południowym znajduje się tablica z datą poświęcenia kościoła (1806 r.) i historią opactwa według Jana Długosza. Dalej w kierunku wschodnim, przed wejściem z krużganków do kościoła, w ścianę wmurowana jest tablica z czarnego marmuru poświęcona zmarłym zakonnikom. Od założenia klasztoru byli oni chowani w krużgankach; w 1766 r. zostali przeniesieni do wspólnej mogiły pod posadzką krużganków. W skrzydle wschodnim, tuż przy kościele, znajduje się zakrystia, do której prowadzi okazały portal i kute drzwi z XVII wieku. Nad wejściem znajduje się fresk z tego samego okresu, przedstawiający modlącego się opata Sierakowskiego (jego herb znajduje się nad portalem), a obok pojmanie zakonników w czasie potopu szwedzkiego. Wspornik przy drzwiach zakrystii z przedstawieniem orła i zwornik sklepienia z herbem Pogoń są pamiątkami po fundatorze krużganków, królu Kazimierzu Jagiellończyku. Sama zakrystia jest pomieszczeniem gotyckim z XV wieku; pierwotnie pełniła funkcję kaplicy Krzyża św.; w niej przechowywane były relikwie. W XVIII w. relikwie przeniesiono do kaplicy Oleśnickich, a zakrystię odnowiono. Z tego okresu pochodzi jej obecne wyposażenie. Sklepienie pokrywa dekoracja malarska przedstawiająca sceny z życia św. Benedyktyna i jego współbraci. Na prawo od wejścia z krużganku znajduje się marmurowy lawaterz (umywalnia), przeniesiony z kaplicy Oleśnickich. Nad wejściem do zakrystii, po obydwu jego stronach, umieszczone zostały się drewniane rzeźby śś. Piotra i Pawła. Są one częścią większego, zniszczonego ołtarza, wykonanego przez jednego z więźniów odbywających karę na Świętym Krzyżu. Na wyższej kondygnacji, nad zakrystią, znajdowała się niegdyś bogata biblioteka klasztorna.

Od południa z zakrystią sąsiaduje kaplica Oleśnickich, pełniąca również funkcję sanktuarium. Pierwotnie pomieszczenie to było kapitularzem klasztornym; na pocz. XVII wieku zostało przebudowane na kaplicę. Do pierwotnego, gotyckiego wystroju należą ostrołukowe okna w ścianie wschodniej. Kaplica ma rzut zbliżony do kwadratu; wieńczy ją kopuła z latarnią. W ołtarzu głównym znajduje się figura ukrzyżowanego Chrystusa, a powyżej, w rozbudowanym szczycie, Matki Boskiej z Dzieciątkiem i medaliony ze świętymi. Ołtarze w narożnikach poświęcone zostały św. Barbarze i św. Janowi Nepomucenowi. Z XVII w. pochodzi również piętrowy nagrobek Oleśnickich, znajdujący się na prawo od wejścia, obok portalu prowadzącego do zakrystii. Pochowani tu zostali fundator kaplicy – Mikołaj oraz jego żona, Zofia. W zwieńczeniu nagrobka, na lewo od medalionów z dekoracyjnymi wizerunkami dzieci, znajduje się herb Oleśnickich – Dębno. Po przeniesieniu relikwii Drzewa Krzyża do kaplicy zmieniony został wystrój wnętrza. Od zachodu wbudowany został dwuarkadowy chór muzyczny i relikwiarze po obydwu stronach ołtarza głównego.

Pozostałe wnętrze kaplicy zdobi polichromia XVIII-wieczna. W czaszy kopuły przedstawiony został Chrystus w otoczeniu Marii, Jana Chrzciciela i apostołów, a w pendentywach król Salomon, prorocy: Ezechiel i Izajasz oraz św. Jan Ewangelista. Na ścianach znajduje się historia Krzyża Św., a w arkadach nad wejściem Chrystus w Ogrójcu i Złożenie do Grobu. Z XVIII w. pochodzą również pokryte polichromią drzwi ze scenami ukazującymi moc Krzyża św. w zbawieniu dusz oraz kute kraty zamykające wejścia z krużganków do kaplicy. Pod kaplicą znajduje się krypta z pochówkami potomków rodu Oleśnickich oraz zakonników.

Kaplica Oleśnickich nawiązuje do centralnych założeń kopułowych zapoczątkowanych przez kaplicę Zygmuntowską na Wawelu. Jej architekt nie jest jednak znany.

Relikwie Drzewa Krzyża Świętego zachowane w pięciu cząstkach, przechowywane są w pancernym tabernakulum na mensie. Umieszczone są w złotym relikwiarzu w kształcie dwuramiennego krzyża, a ten z kolei w złotym futerale w kształcie słońca. Relikwiarz otwierany był kilkukrotnie; ostatnio w 2002 roku, kiedy to cząstki Krzyża poddane zostały oględzinom konserwatorskim.

Pomieszczenie za kaplicą to tzw. sala opacka, pełniąca dawniej funkcję auditorium, czyli miejsca codziennych spotkań zakonników. Ostatni fresk w skrzydle wschodnim przedstawia opata Sierakowskiego skarżącego się królowi szwedzkiemu na zachowanie jego żołnierzy w klasztorze.

W skrzydle północnym, po prawej stronie, znajdowała się apteka i szpital. Do pomieszczeń apteki prowadzi kamienny portal; wieńczy go fresk przedstawiający dekoracyjny szczyt. We wnętrzu apteki znajdowała się polichromia przedstawiająca św. Apolonię, patronkę dentystów i lekarzy. Podczas prac konserwatorskich polichromia ta została przeniesiona na krużganki, do przęsła po prawej stronie portalu. Po lewej natomiast znajdują się XVII- i XVIII-wieczne freski ze scenami męczeństwa świętych z zakonu benedyktynów oraz ołtarz z przełomu XVIII/XIX wieku namalowany na murze w przęśle zachodnim (obecnie częściowo przesłonięty). W skrzydle północnym znajduje się także muzeum, w którym prezentowane są eksponaty związane z więzienną funkcją opactwa i jego odbudową oraz ekspozycja związana z działalnością misyjną oblatów.

W zachodnim skrzydle zachowana jest fragmentarycznie scena męczeństwa św. Brunona.

Krużganki otaczają wirydarz, w którego centrum znajduje się XVII-wieczna studnia z cembrowiną pełniąca funkcję cysterny. Jest ona częścią większego systemu gromadzącego zapasy wody deszczowej i gruntowej.

Ze skrzydła zachodniego przejście prowadzi do XVIII-wiecznego skrzydła klasztornego, w którym mieści się Muzeum Przyrodnicze Świętokrzyskiego Parku Narodowego.

Po południowej stronie kościoła znajduje się wejście do podziemi. Eksponowane są w nich zmumifikowane szczątki zakonników oraz mężczyzny, uznawanego przez wiele lat za zmarłego w 1651 r. Jeremiego Wiśniowieckiego (nowe badania negują tą interpretację).